Depois de planejar uma fuga perigosa do inferno da prisão panamenha de Sona, os irmãos Michael Scofield e Lincoln Burrows estão determinados a procurar justiça contra A Companhia, o grupo obscuro responsável pela destruição de suas vidas. Para isso, eles contam com a ajuda do governo para capturar cartões de informação com os dados que podem revelar ao mundo toda a verdade.