O ano é 1327. Representantes da Ordem Franciscana e a Delegação Papal se reúnem num monastério Benedictino para uma conferência. Mas a missão deles é subitamente ofuscada por uma série de assassinatos. Utilizando sua brilhante capacidade de dedução, o monge franciscano William de Baskerville (Sean Connery), auxiliado pelo seu noviço Adso de Melk (Christian Slater), se empenha para desvendar o mistério. Mas antes que William possa completar sua investigação, o monastério é visitado pelo seu antigo desafeto, o Inquisidor Bernardo Gui (F. Murray Abraham). O poderoso Inquisidor está determinado a erradicar a heresia através da tortura e se William, o caçador, persistir na sua busca, também se tornará caça. Mas a medida que Bernard Gui se prepara para acender a fogueira da Inquisição, William e Adso voltam à biblioteca labirintesca e descobrem uma verdade extraordinária.